南靖县地域商代属扬州,周和春秋为七闽地,战国为闽越地,即百越族居住区部分。
秦始皇三十三年(凳芝键公元前214年),秦征服百越族及其边境其他民族后,全国分为36郡(后扩建为46郡),闽越故地被划为闽中郡,南靖属之
秦灭亡后,在楚汉之争中,由于无诸和徭弃楚从汉,刘邦完成统一大业后,便正式承认无诸为闽越王。今南靖一带属闽越国辖地。
汉元封元年(公元前110年),汉廷为强化闽越故地统治,在闽越故地建置冶县,东汉时更名为侯官县,隶属会稽郡,县治在冶(即今福州)。冶县是福建最古老的县,南靖属之。南靖为闽地,北宋地理全书《舆地广记》记载福建全部(漳州等)为闽地。
三国·东吴永安三年(260年),会稽郡南部另建置建安郡,南靖属建安郡侯官县。
晋太康三年(282年),由于人辨旋台组口增加和经济发展,析建安郡部分地域建置晋安郡。晋安郡,郡治在侯官县(今福州),郡设置晋安等8县,南靖属晋安县。
南北朝·梁天监年间(502~518年),析晋安县地分建兰水县(待考),南靖属之。隋开皇十二年(592年),兰水县并入龙溪县,不久龙溪县撤销并入南安县,不久南安县也撤销,直到100多年的唐朝中期漳州一带才再设县:唐垂拱二年(公元686年)十二月初九日,割泉州南部龙溪县南部原绥安县地域建置漳州(此时泉州州驻地为福州,泉州在唐朝久视年间(西元700年)才最后定设州,前面几次裁撤)和潮州一小部分,设置了漳州,并置漳浦、怀恩2县。今南靖县大部分地域属漳浦、龙溪县。大历十二年(777年),汀州龙岩县归属漳州。漳州辖漳浦、龙溪、龙岩3县。今南靖辖地属3县交界地域。
元至治二年(1322年),析龙溪、龙岩、漳浦3县交界地域建置南胜县,治所在今平和南胜,后迁县治于今平和旧县,隶属福建省漳州路。至正十六年(1356年),南胜县治迁至兰陵(今靖城),改名南靖县,仍隶属漳州路。
明洪武元年(1368年),漳州路改为漳州府,南靖属之。洪武二十五年(公元1392年),福建按察分司置宁武道、延汀道、漳泉道三道,漳州府属漳泉道,漳泉道管辖泉州、莆田、漳州。
洪武二十九年(公元1396年),福建按察分司调整合并为建宁道、福宁道二道,漳州府属福宁道,福宁道管辖福州、宁德、泉州、莆田、漳州
清顺治元年(1644年),明亡。福王朱由崧(弘光)立于南京,南靖属之。
顺治二年六月,郑鸿逵与黄道周等奉唐王朱聿健(隆武)于福州,南靖属朱聿健据地。
顺治三年十月,清大将军贝勒孛罗率兵平定闽粤,漳州归清,南靖亦归附。
清袭明制,漳州仍设府,隶属福建省布政司,南靖属之。
民国1年(1912年)废府、州、厅,福建省实行省、道、县3级誉她碑谜地方政制。道的设置分为东路、西路、南路、北路4道;今漳州各县属西路道,南靖属之。
民国3年6月,全省依原辖区域设置闽海、厦门、汀漳(前汀漳龙道)、建安4道。南靖属汀漳道,道所在漳州。
民国14年,废道。福建省实行省、县2级地方政制,各县直属福建省。
民国21年4月,中国工农红军东路军东征漳州,成立闽南革命委员会,南靖属之。同年5月,龙岩、南靖、漳平交界处成立南平区苏维埃政府,南靖受其管辖有红畲、半岭、月水、迎坑等地;科岭成立靖北苏维埃政府,受其管辖有南靖、平和、永定、龙岩4县边区地带。
民国22年11月20日,以陈铭枢、蒋光鼐、蔡廷锴等十九路军将军为核心,联合国民党内一部分抗日反蒋势力,在福州发动福建事变,成立中华共和国人民革命政府,即福建人民政府。同年12月11日,将福建划分为闽海、延建、兴泉、龙汀4省和福州、厦门2个特别市,南靖属龙汀省。
民国23年1月,由于蒋介石重点围攻及其他原因,福建人民政府失败。同年7月,实行行政督察专员制度,全省划分为10个行政督察区,南靖属第六区,区署在漳浦。同年,中共闽南特委在平和欧寮成立靖和浦县苏维埃政府,管辖脚凝踏南靖、平和、漳浦3县交界地带。
民国24年,全省改划为7个行政督察区、1个市,原第六区改为第五区,南靖属之。
民国35年,南靖县划归第六行政督察区,区署在龙岩。
民国36年4月,全省行政督察区重新颂己请调整,南靖又归属第五行府删政督察区。至民垫炒担国38年9月,南靖县行政区归属不变。
1949年10月,县人民政府成立时,为了支前工作需要,进行第1次行政区划分,将全县划分为6个区,下辖2个镇、13个乡,接管原国民党县政府的159个保和1588个甲,原第五行政区改为第六行政区,南靖属之。
1950年3月14日,第六行政区改为漳州行政督察专员公署,南靖属之。
1950年9月14日,漳州行政督察专员公署改为福建省人民政府龙溪地区专员公署,南靖属之。
1950年11月,随着地方政权建设,撤销国民政府的地方保甲制度,进行第二次行政区划分,为了便利于开展土地改革,划出第一区船南乡建立第七区,区人民政府设在船场墟,全县设置7个区,下辖1个镇、118个乡。
1952年7月,进行第3次行政区划分,为了有利于工作开展,划出第四区和溪乡和第五区奎洋乡,合并建立第八区,区人民政府设在和溪墟。同年,全县设置8个区,下辖1个镇、117个乡、31个居民小组。
1954年11月,第一区划出丰田乡创办地方国营南靖宝林农场,范围仅限于东方、宝林2个作业区所辖的含口寨、洲仔头、顶洲、新墟。1958年9月,范围扩大到凤安、溪洲、东钵、鸿钵、东田、山边、涂尾、葛山、下戴、山苑、桥头、钟古、下碑、雁塔、院前和平和县的黄井等地,农场名称改为福建省地方国营南靖丰田农场,划归省直接管辖。1959年,范围缩小,仅保留丰田、宝林、凤安、红星、五洲、八坪等地,场部原来在新楼仔埔,1973年搬迁横山头。
1955年9月5日,进行第4次行政区划分,第三区、第四区合并组建金山区,各区名称亦改用驻地名称。同时,组建水上乡(船民组织)。全县共设置7个区、2个镇、1个场、126个乡、31个居民小组。
1956年5月15日,撤销靖城、和溪2个区,保留山城、龙山、长教、船场、程溪5个区。1957年2月19日,因划出程溪区8个乡归龙溪县管辖,全县共设置4个区、1个场,下辖1镇53乡。
1958年2月,全县撤区并乡。设山城镇和六安、三卞、汤坑、葛山、丰田、靖城、古湖、古棠、宝斗、龙山、南坑、高德、金山、马公、和溪、永溪、奎洋、长教、梅林、曲江、书洋、世禄、龙坑、梧宅24个乡,以及国营宝林农场。
1958年9月,全县撤销乡(镇),组建成上游、靖城、棠溪、灯塔、超美、红旗、卫星、跃进、东方红、乘东风、超英11个政社合一的人民公社、84个耕作管理区。1959年11月,公社名称改用驻地名称。撤销棠溪公社,其辖区分别归入山城、龙山2个公社。
1963年3月,划出山城公社城关生产大队,恢复山城镇建制;年底,全县共辖1个镇、10个公社、1个国营农场。
1967年4月1日,龙溪地区专员公署瘫痪,成立中国人民解放军福建省龙溪专区军事管制委员会,南靖属之。
1968年5月,龙溪地区革命委员会成立,南靖属之。
1969年,撤销山城镇建制,改为居民大队,归山城公社管辖。
1976年,对部分公社所辖生产大队适当调整合并。全县共设置10个公社、1个国营农场,下辖168个生产大队、5个作业区。
1978年3月,龙溪地区革命委员会改为龙溪地区行政公署,南靖属之。
1980年9月,重新建立城关镇。全县共设10个公社、1个镇、1个场,下辖169个生产大队、3个居民委员会、5个作业区。
1984年,实行政社分开,公社改为乡(镇),生产大队改为村。11月4日,靖城镇增设兰陵居委会;年底,全县共设置2个镇、9个乡、1个场,下辖5个居委会、169个村、5个作业区。
1985年5月14日,龙溪地区行政公署改为漳州市人民政府,南靖属之。
1985年10月3日,奎洋乡增建岭头、光祠2个村。1986年9月18日,龙山乡增建金杉村。
1987年4月16日,撤销山城乡,并入山城镇;1988年12月29日,龙山、船场2乡改为镇。
1990年,南靖县共设4镇(山城、靖城、龙山、船场)、6乡(金山、和溪、奎洋、梅林、书洋、南坑),共辖9个居委会、172个村。
1997年,南靖县面积1961.6平方千米,人口33.4万,辖8个镇、2个乡:山城镇、靖城镇、龙山镇、金山镇、和溪镇、奎洋镇、南坑镇、船场镇、书洋乡、梅林乡。境内有1华侨农场。县政府驻山城镇。
2000年,撤销书洋乡,设立书洋镇;撤销梅林乡,设立梅林镇。区划调整后,南靖县辖11个镇。
2013年12月20日,国务院批准(国函[2013]141号)同意将南靖高新区(南靖县靖城镇),圆山新城(龙海市颜厝镇、九湖镇以及芗城区桥南片区)、芗城区天宝镇、大房农场、金峰开发区和龙文区蓝田开发区成立漳州高新技术产业开发区,其中圆山新城和靖城园区为漳州高新技术产业开发区直管园区。靖城镇属于漳州高新技术产业开发区管辖,行政区划仍属南靖县。
2019年3月6日,中央宣传部、财政部、文化和旅游部、国家文物局公布《革命文物保护利用片区分县名单(第一批)》名单,南靖县在其中。